Ступеньки ширина по госту: Высота ступени лестницы гост

Содержание

Высота ступени лестницы гост

Лестница – важная деталь любого дома. Ключевым ее элементом является ступенька. От того, какой размер вы выберете, будет зависеть не только внешний вид конструкции, но и удобство ее использования. Давайте подробно разберемся в том, какая высота и ширина ступени считаются оптимальными, и как их правильно рассчитать.

Размер ступеней по ГОСТу и СНИПу

Размер, согласно ГОСТу и СНИПу, определяется, исходя из следующих параметров:

  • общий угол наклона лестницы;
  • высота ступени;
  • ширина лестничного марша.

Существуют стандарты ступеней

При этом используются следующие нормативные документы:

  1. ГОСТ 8717.1-84 – устанавливает необходимые нормы для размеров различных элементов лестниц.
  2. ГОСТ 23120-78 – определяет требования, предъявляемые к конструкциям, относящимся к маршевым трапам.

Исходя из их содержания, можно выделить следующие габариты, соответствующие общепринятым нормам:

  • высота ступени, согласно ГОСТу, должна составлять не менее 12 и не более 25 сантиметров;
  • минимальная ширина должна варьироваться в пределах 70-80 сантиметров;
  • оптимальной считается конструкция, ширина которой составляет 1 метр;
  • ширина ступени лестницы, согласно норме, должна составлять 27-30 сантиметров. Это необходимо для того, чтобы человек мог опереться на конструкцию всей подошвой, и она не свисала с края.

Обратите внимание! В некоторых случаях, например, при проектировании лестницы на чердак допускается возведение конструкций шириной 60 сантиметров.

В данном видео вы узнаете, какая должна быть высота ступени:

Согласно СНИП, можно выделить следующие показатели:

  1. Высота стандартной ступени лестницы должна составлять не более 15 сантиметров.
  2. Погрешность, допускаемая в размерах ступеней одного лестничного марша, не должна превышать 5 миллиметров.
  3. Их число не должно быть меньше 3 и не больше 18.
  4. Желательно, чтобы количество определялось нечетным числом. Это позволит начинать движение по лестнице и заканчивать его с одной ноги, что очень удобно.
  5. Наклон лестницы считается комфортным, если его значения лежат в интервале от 35 до 40 градусов.
  6. Ширина ступеньки – не менее 30 сантиметров.

Подробнее о нормах СНИП можно узнать из документов:

  • № 2.08.02/89 – правила постройки общественных зданий;
  • № 2.08.01/89 – правила постройки жилых помещений.

Некоторые значения могут изменяться в большую или меньшую сторону, в зависимости от того, где будет располагаться конструкция.

Оптимальный и удобный размер ступеней лестницы в доме

Итак, мы разобрались с шириной и высотой ступени, которые считаются оптимальными, согласно СНИПу и ГОСТу. Теперь давайте попытаемся разобраться, как получить наиболее оптимальный и удобный размер конструкции.

Сразу хочется отметить тот факт, что расчет ступеней и общего размера лестницы зачастую зависит от способа ее применения и габаритов помещения. Проектирование чердачных и подвальных конструкций может отличаться от межкомнатных. Исходя из этого, можно сделать вывод, что проектирование по ГОСТу не всегда может оказаться верным решением.

Существует ряд правил, придерживаясь которых, вы сможете определить оптимальный и удобный размер лестницы и ее элементов:

  1. Угол подъема не должен превышать отметку в 40 градусов.
  2. Проектируйте глубину проступи таким образом, чтобы нога самого большого члена вашей семьи опиралась на поверхность подступенка всей подошвой. Это значительно повысит безопасность подъема.
  3. Старайтесь рассчитать размер ступеней таким образом, чтобы их количество было равно 15. Такая лестница будет максимально удобной для подъема.


Отдельно хочется отметить тот факт, что угол наклона может значительно изменить размер конструкции для того, чтобы она оставалась комфортной и безопасной. Так, например:

  • при угле наклона в 30° ширину проступи необходимо делать равной 30 см, а ее высоту – 15 см;
  • если угол доходит до отметки в 40°, необходимо скорректировать размеры. Ширина станет равна 25 сантиметрам, а высота корректируется до отметки в 20 сантиметров.

Это необходимо для того, чтобы увеличить безопасность спуска и подъема. При строительстве крутых лестниц не забудьте построить удобные и надежные перила.

Способы расчета ступеней лестничного марша

Для того чтобы рассчитать количество ступеней лестничного марша, можно воспользоваться одним из следующих способов:

  • использовать графический метод;
  • разделить расстояние между этажами на желаемую высоту проступи;
  • воспользоваться специальным калькулятором на нашем сайте.

Существует несколько способов расчёта ступеней

Использование графического метода позволит вам получить необходимые параметры конструкции, беря за основу угол ее наклона и количество ступеней. Для реализации этого метода необходимо придерживаться следующего алгоритма:

  1. Чертим ось координат.
  2. Одну ось разбиваем на отрезки, равные длине шага, а вторую – на отрезки, равные его высоте.
  3. Соединяем синими линиями получившуюся разбивку.
  4. Фиолетовой линией обозначаем угол наклона.
  5. На пересечении чертим пунктиром две линии, которые будут параллельны нашим осям.
  6. Таким образом, у нас получается готовый контур, который, для удобства, можно обвести красным цветом.
  7. При необходимости можно внести корректировки в размер конструкции, с учетом поправок на масштаб.

При разделении расстояния между этажами на высоту проступи у нас возникнет проблема, связанная с тем, что полученное число может оказаться дробным. Устранить ее удастся следующими способами:

  1. Сделать нижнюю ступеньку нестандартной по высоте, изменив ее на необходимую величину. Ее размер будет равен произведению полученного остатка на исходную высоту.
  2. Равномерно распределить полученный остаток на все ступени. Для этого нам нужно умножить полученный остаток на число ступеней. Полученное значение добавляется к целому числу. Таким образом, мы получим минимальное изменение в размерах.

Необходимые формулы для расчета

Если вы желаете рассчитать все самостоятельно, воспользуйтесь следующими формулами:

  • формула безопасности. Количество рассчитывается на основании следующего соотношения – суммы глубины проступи и высоты подступенка должны быть равны 46 сантиметрам;
  • формула Блонделя. За основу берется средний шаг человека. Формула выглядит следующим образом: 2h + B = 600…640 миллиметров, где
    • H – высота проступи;
    • В – ширина проступи;
    • 600…640 – средняя длина человеческого шага.

Большинству людей, даже тем, кто проживает в домах с лифтами, ежедневно приходится сталкиваться с подъемом и спуском. Движения ног осуществляются автоматически. Это связано с тем, что стандартизирована высота ступени лестницы. ГОСТ достаточно четко прописывает все размеры и наклоны. Ведь стоит только одному звену выпасть из стройного ряда марша, как человек может оступиться и получить тяжелую травму.

Государственный нормативный документ

При проектировании маршевых конструкций необходимо руководствоваться стандартом ступеней лестницы. За это отвечает ГОСТ 98–18 −2015. Его разработал и рекомендовал к подписанию Международный совет по стандартизации. Событие произошло 29 мая 2015 года. К нему присоединились Россия, Армения, Таджикистан, Казахстан и Киргизия.

Но нормативы не являются единственным документом, где перечислены требования к подобным конструкциям. Существуют предусмотренные стандартом нормативы:

  • для маршевых изделий — 23120−78;
  • подмостков — 23258−88;
  • ограждений — 25772−83;
  • пожарных строений — 8556−72;
  • приставных и мобильных — Р 53254−2009 (технические условия для наружных деталей).

Типы лестниц и ступеней

  1. Предназначенные для передвижения на верхний этаж и спуска с него. Это будут основные лестницы.
  2. Перемещение в цоколи и чердаки осуществляется по вспомогательным подъемным строениям.

Существует классификация и по конструктивным особенностям каждого из подобных элементов жилья. Это могут быть:

  1. Самые распространенные — маршевые, строятся капитально и больших размеров. Их изготавливают на тетивах или косоурах. Бывают прямыми или в форме букв Г, Т или П.
  2. Компактные винтовые предоставляют экономию пространства, но наименее удобны для передвижения.
  3. Редко используются лестницы на больцах, являющиеся аналогом маршевым, но фиксирующиеся непосредственно к стене.

Своя классификация имеется и у главного элемента лестницы — ступеней. Их можно разделить на следующие категории:

  1. Стандартные, являющиеся основной опорой всей системы и расположенные с одинаковым смещением.
  2. Забежные, применяемые для организации плавного поворота к следующему маршу. Ширина их различна.
  3. Изменение направления движения пролетов достигается установкой площадочных элементов с вертикальным стандартным смещением.
  4. Легкие и визуально доступные для осмотра лестницы без подступенка называются открытыми.
  5. Полной им противоположностью стали закрытые опорные детали повышенной прочности с вертикальным подступенком.
  6. Консольные, свисающие друг над другом с выступом за край.

Ключевые параметры лестничных маршей

Все размеры ступеней ГОСТ регламентирует в рекомендациях, требованиях и СНиП. Каждому из них предписано наибольшее и наименьшее значение. Учитывается также принадлежность лестницы к той или иной конструкции и функциональному назначению.

Угол наклона

Этот фактор способен повлиять на удобное и безопасное использование марша. Чем он круче, тем меньшее пространство необходимо для размещения пролета. Но в этом случае возникают сложности при передвижении вверх и вниз. И наоборот, малые значения позволяют с комфортом передвигаться детям и старикам, но для частного дома площадь, которую займет устройство для спуска и подъема — непозволительная роскошь.

От покатости значений зависит непосредственная высота и ширина ступеней лестницы. ГОСТ считает, что оптимально, если она наклонена на 30−45°. Но не запрещены и прочие показатели:

  • менее 30° для пологих конструкций;
  • компактные, приставные и стремянки — 45−75°;
  • для трапов предусмотрена крутизна в 75−90°;
  • к 100° приближен наклон пандусов.

На этапе проектирования следует учитывать размеры помещения, в котором будет организован переход между этажами. Для расчета существуют специальные формулы, но удобнее воспользоваться уже разработанными таблицами, где приведены все зависимости от угла размеров ступени. ГОСТ допускает применение этих данных на практике.

[1]

Ширина лестничного пролета

Настоящий параметр рассчитывается самым простым способом. Считается, что лестница должна быть рассчитана для одновременного нахождения на ней двух человек независимо от направления их движения. Не принимая в расчет размеры перил и ограждений, этот габарит принят по рекомендации СНиП за 0,9−1 метр.

Учитывая дефицит свободного пространства внутри помещения эти габариты выдерживать сложно. Но минимальное значение — 80−92 см — необходимо выполнять.

[2]

Высота и глубина площадки

Любая ступень состоит из двух частей. Горизонтальная называется проступью, а вертикальная — подступенком. Его размер и считается величиной подъема основного конструктивного элемента марша. К высоте ступенек лестницы ГОСТ предъявляет такие требования:

  • он должен быть одинаковым на всей длине пролета, так как изменения собьют ритм движения, что может вызвать получение травмы;
  • обеспечивать комфорт как при перемещении вверх, так и вниз;
  • глубина должна соответствовать размеру шага среднего человека — 55−65 сантиметров.

Количество основных элементов

Один пролет может состоять и из различного их числа. Обычно эта цифра умещается в предел от 3 до 16. При большей сумме подниматься станет сложно и необходимо предусмотреть место для отдыха. Если ступеней нечетное количество, то пешеход завершит свое перемещение на той же ноге, с которой двинулся в путь. Это очень удобно, но необязательно.

Чтобы вычислить полное расстояние снизу доверху, нужно подсчитать частное между общей высотой лестницы и размером подступенка. Для межэтажных конструкций берется расстояние от чистовых полов нижнего яруса до таких же элементов последнего этажа. Все эти нормативы разработаны на практике для обеспечения удобного и безопасного пользования подъемными элементами дома в повседневной жизни. Поэтому и применяются в тех местах, где человек проводит большую часть своего времени — дома или на работе.

Основные рекомендации ГОСТ

Именно комфортное передвижение и отсутствие травмоопасных факторов является важнейшей задачей всех расчетов и предложений, изложенных в любом нормативном акте. Поэтому при проектировании и строительстве пролетов нужно ориентироваться на такие пожелания:

  1. Бытовые лестницы должны быть шириной 0,8 метра, в двухэтажных — 0,9 м, в более высоких — 1,05 метра. Наибольшая величина для жилых построек определена в пределах 1,4 м.
  2. Объекты, состоящие из более чем 1 марша, являются одинаковыми по ширине на всей своей протяженности.
  3. На встречных пролетах расстояние между ними определяется в 50 миллиметров.
  4. Проходные марши могут иметь длину не менее 1,3 метра, а перед входной дверью — 1 метр.
  5. Значение угла покатости выбирается около 50°. Минимум — 20°.
  6. Высота ступени, т. е. подступенок, рекомендована в диапазоне 12−19 сантиметров. До 21 см увеличиваются подъемники на чердак. Этот показатель для каждого элемента может немного варьироваться, не более чем на 50 мм.
  7. Ширина опорной площадки (проступь) принимается за 25−26 см, на чердаках — 20−21 см. В этом случае свес ее не должен превышать 3 сантиметров.
  8. Расстояние до потолка в идеальном случае рекомендуется оставлять около 2 метров.

Правила и стандарты проектирования

Опыт, накопленный строителями с древнейших веков, дает возможность создавать надежные и в то же время красивые лестничные конструкции. Все они подчиняются главному правилу, позволяющему двигаться с комфортом и в безопасности — наилучшему соотношению между дистанцией движения вперед и высотой спуска или подъема. Для этого применяются 2 параметра:

  1. Расстояние от ступени до ступени в сантиметрах — показатель X.
  2. Дистанция между их краями, выраженная в тех же единицах, — Y.

2х+у=60.

Дальнейшие эксперименты и исследования позволили усовершенствовать ее. В результате появилось еще два постулата:

  • первую, х + у=45, назвали показателем безопасной лестницы;
  • вторая, у — х=12 — отражает удобство применения.

Но в современном строительстве учитывается гораздо больше разнообразных параметров. А это значит, что и различных формул, нормативов и рекомендаций появилось намного больше. И максимальное их внимание направлено на обеспечение защиты человека от травматизма. Нарушение этих предписаний влечет за собой административное наказание. Избежать его можно только при четком следовании букве закона.

Разрабатывая проект новой постройки, архитектору нужно учитывать множество факторов. Главными из них являются пожелания, которые выставляет заказчик. Однако отодвигать на второй план требования ГОСТ И СНиП нельзя. Поэтому их нужно привести в соответствие друг другу, учитывая такие обстоятельства:

  • количество и характер передвижения людей по лестничным маршам;
  • нагрузки, которые придется выдерживать конструкциям;
  • технологические особенности их изготовления;
  • дизайн и авторское видение проекта;
  • имеющееся для этого пространство.

Неоспоримым фактом является то, что лестница — объект, представляющий серьезную травмоопасность. Следовательно, пренебрегать любым из пунктов правил, а главное, требованием к высоте ступеней, запрещается.[3]

[3]

На практике выясняется, что большинство несчастных случаев на подобных объектах связано с несоблюдением именно этого норматива.

  • Автор: Александр Белозеров

Видео (кликните для воспроизведения).

  • .2017. 58. С. 232–237.

  • 18

    Прихна Т.А., Габер Р.А., Барвицкий П.П., Свердун В.Б., Дуб С.Н., Муратов В.Б., Домнич В.В., Карпец М.В., Мощил В.Е., Лошак М.Г., Ковылаев В.В., и Васильев О.О. Синтез, спекание, структура и свойства материалов на основе AlB 12 C 2 , Proc.41-й межд. Конф. по современной керамике и композитам: керамическая инженерия и научные труды. Дейтона-Бич, Флорида, 22–27 января г. 2017 , Салем, Дж., Ла Сальвия, Дж. К., Нараян, Р., и Чжу, Д., Ред., Хобокен, Нью-Джерси: Wiley, 2018, т. 38, нет. 2. С. 195–203.

  • 19

    Маккассер, Л. Cryst ., 1999, т. 32. С. 36–50.

    Артикул Google Scholar

  • 20

    Михайловский, Е.М., Определение предела прочности хрупких материалов, Strength Mater ., 1976, вып. 8, вып. 11. С. 1306–1310.

    Артикул Google Scholar

  • 21

    Седаков Л.М., Мартыненко А.Г., Симоненко Г.А. Радиальное сжатие как метод механических испытаний // Завод. Лаборатория ., 1977, вып. 1. С. 98–100.

  • 22

    Лошак М.Г., Прочность и долговечность твердых сплавов . Киев: Наукова думка, 1984.

  • 23

    Глаговский Б.А., Ройтштейн Г.Ш., Яшин В.А., Контрольно-измерительные приборы и основы автоматизации производства абразивных инструментов Л .: Машиностроение, 1980.

  • 24

    Баранов В.М. Определение констант упругости образцов диэлектрического материала // Завод. Лаборатория ., 1972, вып. 9. С. 1120–1124.

  • 25

    Девин, Л.Н., Определение предела прочности поликристаллических сверхтвердых материалов, Сверхтверд. Материалы .1988. 2. С. 24–28.

  • 26

    Новиков Н.В., Девин Л.Н., Иванов С.А. Силомер для динамических испытаний материалов. Лаборатория ., 1980, вып. 7. С. 65–67.

  • 27

    Девин Л.Н. Особенности определения физико-механических характеристик хрупких материалов на малогабаритных образцах // Strength Mater ., 2018, т. 50. С. 909–917.

    CAS Статья Google Scholar

    • Анализ функционального обогащения списка генов и преобразование пространства имен с помощью gprofiler2

    Анализ обогащения

    ГОСТ позволяет выполнять функциональное профилирование списков генов. Функция выполняет статистический анализ обогащения, чтобы найти избыточное представление функций из генной онтологии, биологических путей, таких как KEGG и Reactome, аннотаций болезней человека и т. Д.Это делается с помощью гипергеометрического теста с последующей поправкой на множественное тестирование.

    Стандартный ввод функции gost — это (именованный) список идентификаторов генов. Список может состоять из идентификаторов смешанных типов (белков, транскриптов, идентификаторов микрочипов и т. Д.), Идентификаторов SNP, хромосомных интервалов или идентификаторов функциональных терминов.

    Параметр организм позволяет определить соответствующий исходный организм для списка генов. Названия организмов обычно создаются путем соединения первой буквы имени и фамилии, e.г человека — hsapiens . Если некоторые из идентификаторов входных генов полностью числовые, параметр numeric_ns позволяет определить соответствующее пространство имен. См. Раздел Поддерживаемые организмы и пространства имен идентификаторов для ссылок на поддерживаемые организмы и пространства имен.

    Если входные гены упорядочены по убыванию на основе некоторой биологической важности, то orders_query = TRUE будет учитывать это. Например, гены можно упорядочить по значениям дифференциальной экспрессии или абсолютной экспрессии.В этом случае тестирование с возрастающим обогащением выполняется со все большим количеством генов, начиная с верхней части списка. Обратите внимание, что с этим параметром размер запроса может быть разным для каждого функционального термина.

    Параметр значимый = ИСТИНА указывает, следует ли возвращать все или только статистически значимые результаты.

    В случае генной онтологии (GO) exclude_iea = TRUE исключит электронные аннотации GO из источника данных перед тестированием.Это термины с кодом свидетельства IEA, указывающие, что эти аннотации назначаются генам с использованием методов in silico curation.

    Чтобы измерить недопредставленность вместо избыточного представления, установите measure_underpresentation = TRUE .

    По умолчанию user_threshold = 0,05 , который определяет настраиваемый порог значимости p-значения для результатов. Результаты с меньшим значением p помечаются как значимые. Мы не рекомендуем устанавливать его выше 0.05.

    Чтобы уменьшить количество ложных срабатываний, к p-значениям обогащения применяется метод корректировки множественного тестирования. По умолчанию используется наш индивидуальный алгоритм g: SCS ( Correction_method = "gSCS" с синонимами g_SCS и аналитический ), но есть также варианты применения поправки Бонферрони ( Correction_method = "bonferroni" ) или FDR ( Correction_method = "fdr" ). Скорректированные значения p представлены в результатах.

    Параметр domain_scope определяет способ вычисления статистического размера домена. Это один из параметров гипергеометрической функции вероятности. Если domain_scope = "annotated" , то только гены с хотя бы одной аннотацией считаются частью полного домена. Если domain_scope = "known" , то все гены данного организма считаются частью домена.

    В зависимости от вопроса исследования в некоторых случаях рекомендуется ограничить набор домена / фона.Например, можно использовать настраиваемый фон, когда они хотят сравнить список генов с настраиваемым списком экспрессируемых генов. gost предоставляет средства для определения пользовательского фона в виде (смешанного) списка идентификаторов генов с параметром custom_bg . Если используется этот параметр, то для области домена устанавливается значение domain_scope = "custom" . Также можно установить этот параметр на domain_scope = "custom_annotated" , который будет использовать набор генов, аннотированных в источнике данных, а также включенных в предоставленный пользователем фоновый список.

    Параметр источники позволяет выбрать интересующие источники данных. По умолчанию анализируются все источники. Доступные источники данных и их сокращения перечислены в разделе Источники данных. Например, если sources = c ("GO: MF", "REAC") , то возвращаются только результаты из ветви молекулярных функций генной онтологии и путей из Reactome. Можно также загрузить свои собственные аннотационные данные, которые дополнительно описаны в разделе Пользовательские источники данных с upload_GMT_file .

      gostres <- gost (query = c ("X: 1000: 1000000", "rs17396340", "GO: 0005005", "ENSG00000156103", "NLRP1"),
                организм = "hsapiens", заказ_запрос = ЛОЖЬ,
                multi_query = FALSE, значащий = TRUE, exclude_iea = FALSE,
                measure_underpresentation = FALSE, evcodes = FALSE,
                user_threshold = 0,05, Correction_method = "g_SCS",
                domain_scope = "аннотированный", custom_bg = NULL,
                numeric_ns = "", sources = NULL, as_short_link = FALSE)

    Результатом является именованный список , где «результат» - это данные .кадр с результатами анализа обогащения и «мета» , содержащий именованный список со всеми метаданными для запроса.

      фамилия (гостр)
#> [1] "результат" "мета"  
      голова (gostres $ result)
#> запросить значимое значение p_value term_size query_size correction_size
#> 1 query_1 TRUE 8.523716e-26 87 20 14
#> 2 query_1 TRUE 2.723732e-18 284 20 14
#> 3 query_1 ИСТИНА 3.009966e-18 286 20 14
#> 4 query_1 TRUE 5.565491e-15 487 20 14
#> 5 query_1 TRUE 1.
    8e-14 532 20 14
#> 6 query_1 TRUE 1.330770e-13 611 20 14
#> прецизионный вызов источника term_id
#> 1 0,7 0,160
     GO: 0048013 GO: BP
#> 2 0,7 0,04929577 GO: 0007411 GO: BP
#> 3 0,7 0,04895105 GO: 0097485 GO: BP
#> 4 0,7 0,02874743 GO: 0007409 GO: BP
#> 5 0.7 0,02631579 GO: 0061564 GO: BP
#> 6 0,7 0,022
     GO: 0048667 GO: BP
#> term_name эффективный_домен_size
#> 1 сигнальный путь рецептора эфрина 17916
#> Направление 2 аксонов 17916
#> 3 проекционных указателя нейронов 17916
#> 4 аксоногенез 17916
#> Развитие 5 аксонов 17916
#> Морфогенез 6 клеток, участвующих в дифференцировке нейронов 17916
#> source_order родители
#> 1 14703 GO: 0007169
#> 2 3320 GO: 0007409, GO: 0097485
#> 3 22206 GO: 0006928, GO: 0006935, GO: 0048812
#> 4 3319 GO: 0048667, GO: 0048812, GO: 0061564
#> 5 18524 ​​GO: 0031175
#> 6 15185 GO: 0000904, GO: 0048666

    Результат данных.кадр содержит следующие столбцы:

    • запрос - имя входящего запроса, которое по умолчанию является порядком запроса с префиксом «запрос_». Это можно изменить, используя именованный список , вход .
    • значимый - показатель статистически значимых результатов
    • p_value - гипергеометрическое p-значение после коррекции для многократного тестирования
    • term_size - количество генов, аннотированных для термина
    • query_size - количество генов, которые были включены в запрос.Он может отличаться от размера исходного списка, если:
      1. любые гены были сопоставлены с множественными идентификаторами генов Ensembl
      2. какие-либо гены не удалось сопоставить с идентификаторами генов Ensembl
      3. параметр order_query = TRUE , и оптимальное отсечение для термина было найдено до окончания запроса
      4. domain_scope был установлен как «аннотированный» или «пользовательский»
    • correction_size - количество генов во входном запросе, которые аннотированы к соответствующему термину
    • precision - доля генов во входном списке, которые аннотированы для функции (определено как correction_size / query_size)
    • напоминание - доля функционально аннотированных генов, которые восстанавливаются запросом (определяется как correction_size / term_size)
    • term_id - уникальный идентификатор термина (например,г GO: 0005005)
    • источник - аббревиатура источника данных для термина (например, GO: BP)
    • term_name - краткое имя функции
    • effective_domain_size - общее количество генов «во вселенной», использованных для гипергеометрического теста.
    • source_order - порядковый номер термина в его источнике данных (это важно для вывода результатов)
      • Родители
    • - список идентификаторов терминов, которые иерархически расположены непосредственно над термином. Для неиерархических источников данных это указывает на искусственный корневой узел.
      имена (gostres $ meta)
#> [1] "query_metadata" "result_metadata" "genes_metadata" "timestamp"
#> [5] "версия"

    Параметры запроса перечислены в части «query_metadata», объекта метаданных. «result_metadata» включает в себя статистику источников данных, которые используются в тестировании обогащения. Это включает в себя «domain_size», , показывающий количество генов, аннотированных для этого домена. «number_of_terms», , указывающее количество терминов, которые g: Profiler имеет в базе данных для этого источника, и номинальное значение «порог» для этого источника. «genes_metadata» показывает особенности генов запроса (неудачные, неоднозначные или повторяющиеся входные данные) и их сопоставления с пространством имен ENSG. Кроме того, в метаданных отображается время запроса и используемая версия данных g: Profiler.

    Параметр evcodes = TRUE включает коды свидетельств в результаты. Кроме того, столбец «пересечение» появится рядом с результатами, показывающими идентификаторы входных генов, которые пересекаются с соответствующим функциональным термином.Обратите внимание, что его параметр может снизить производительность и замедлить выполнение запроса.

      gostres2 <- gost (query = c ("X: 1000: 1000000", "rs17396340", "GO: 0005005", "ENSG00000156103", "NLRP1"),
                организм = "hsapiens", заказ_запрос = ЛОЖЬ,
                multi_query = FALSE, значащий = TRUE, exclude_iea = FALSE,
                measure_underpresentation = FALSE, evcodes = TRUE,
                user_threshold = 0,05, Correction_method = "g_SCS",
                domain_scope = "аннотированный", custom_bg = NULL,
                numeric_ns = "", sources = NULL)  
      голова (gostres2 $ результат)
#> запросить значимое значение p_value term_size query_size correction_size
#> 1 query_1 ИСТИНА 8.523716e-26 87 20 14
#> 2 query_1 TRUE 2.723732e-18 284 20 14
#> 3 query_1 TRUE 3.009966e-18 286 20 14
#> 4 query_1 TRUE 5.565491e-15 487 20 14
#> 5 query_1 TRUE 1.
    8e-14 532 20 14
#> 6 query_1 TRUE 1.330770e-13 611 20 14
#> прецизионный вызов источника term_id
#> 1 0.7 0.160
     GO: 0048013 GO: BP
#> 2 0,7 0,04929577 GO: 0007411 GO: BP
#> 3 0,7 0,04895105 GO: 0097485 GO: BP
#> 4 0,7 0,02874743 GO: 0007409 GO: BP
#> 5 0,7 0,02631579 GO: 0061564 GO: BP
#> 6 0,7 0,022
     GO: 0048667 GO: BP
#> term_name эффективный_домен_size
#> 1 сигнальный путь рецептора эфрина 17916
#> Направление 2 аксонов 17916
#> 3 проекционных указателя нейронов 17916
#> 4 аксоногенез 17916
#> Развитие 5 аксонов 17916
#> Морфогенез 6 клеток, участвующих в дифференцировке нейронов 17916
#> source_order родители
#> 1 14703 GO: 0007169
#> 2 3320 GO: 0007409, GO: 0097485
#> 3 22206 GO: 0006928, GO: 0006935, GO: 0048812
#> 4 3319 GO: 0048667, GO: 0048812, GO: 0061564
#> 5 18524 ​​GO: 0031175
#> 6 15185 GO: 0000904, GO: 0048666
#> proof_codes
#> 1 IDA TAS IEA, ISS TAS IEA, TAS IEA, IDA IBA TAS, IGI TAS IEA, ISS TAS IEA, IDA TAS IEA, IDA TAS IEA, IGI ISS IBA TAS IEA, ISS TAS IEA, TAS, IDA TAS IEA, ТАС МЭА, ИБА ТАС МЭА
#> 2 IBA, ISS IBA IEA, IBA, IBA IEA, ISS IBA IEA, ISS IEA, IBA IEA, IBA, IBA, ISS IBA IEA, IBA, ISS IEA, IBA, IBA
#> 3 IBA, ISS IBA IEA, IBA, IBA IEA, ISS IBA IEA, ISS IEA, IBA IEA, IBA, IBA, ISS IBA IEA, IBA, ISS IEA, IBA, IBA
#> 4 IBA, ISS IBA IEA, IBA, ISS IBA IEA, ISS IBA IEA, ISS IBA IEA, IBA IEA, IBA, IBA, ISS IBA IEA, IBA, ISS IEA, IBA, IBA
#> 5 ISS IBA, ISS IBA IEA, IBA, ISS IBA IEA, ISS IBA IEA, ISS IBA IEA, IBA IEA, IBA, IBA, ISS IBA IEA, IBA, ISS IEA, IBA, IBA
#> 6 IBA, ISS IBA IEA, IBA, ISS IBA IEA, ISS IBA IEA, ISS IBA IEA, IBA IEA, IBA, IBA, ISS IBA IEA, IBA, ISS IEA, IBA, IBA
#> перекресток
#> 1 ENSG00000044524, ENSG00000070886, ENSG00000080224, ENSG00000108947, ENSG00000116106, ENSG00000133216, ENSG00000135333, ENSG00000142627, ENSG00000143590, ENSG00000S152400, ENSG000001452400
#> 2 ENSG00000044524, ENSG00000070886, ENSG00000080224, ENSG00000108947, ENSG00000116106, ENSG00000133216, ENSG00000135333, ENSG00000142627, ENSG00000143590, ENSG00000142627, ENSG000001435000, ENSG00000S152400, ENSG000001452400
#> 3 ENSG00000044524, ENSG00000070886, ENSG00000080224, ENSG00000108947, ENSG00000116106, ENSG00000133216, ENSG00000135333, ENSG00000142627, ENSG00000143590, ENSG00000142627, ENSG000001435000, ENSG00000S152400000 ENSG60001452400
#> 4 ENSG00000044524, ENSG00000070886, ENSG00000080224, ENSG00000108947, ENSG00000116106, ENSG00000133216, ENSG00000135333, ENSG00000142627, ENSG00000143590, ENSG00000142627, ENSG000001435000, ENSG00000S152400000, ENSG000001452400
#> 5 ENSG00000044524, ENSG00000070886, ENSG00000080224, ENSG00000108947, ENSG00000116106, ENSG00000133216, ENSG00000135333, ENSG00000142627, ENSG00000143590, ENSG00000142627, ENSG00000143590, ENSG00000S152400000, ENSG000001452400
#> 6 ENSG00000044524, ENSG00000070886, ENSG00000080224, ENSG00000108947, ENSG00000116106, ENSG00000133216, ENSG00000135333, ENSG00000142627, ENSG000001435000, ENSG00000142627, ENSG000001435000, ENSG00000S152400, ENSG 
    1452400
 
     Результат  данных.кадр  будет включать дополнительные столбцы: 
    
 
       
    •  proof_codes - список всех кодов свидетельств для пересекающихся генов между вводом и термином. Доказательства разделяются запятыми для каждого гена. 
       
      • 
 
    •  пересечение - список генов из запроса, разделенных запятыми, которые аннотированы соответствующим термином 
      • 
 
     
     Результаты запроса также можно собрать в виде короткой ссылки на веб-инструмент g: Profiler. Для этого установите параметр  as_short_link = TRUE .В этом случае функция  gost ()  возвращает только ссылку веб-инструмента на результаты в виде строки символов. Например, это полезно, когда вы обнаруживаете интересный результат, которым хотите немедленно поделиться с коллегами. Затем вы можете просто программно сгенерировать короткую ссылку и скопировать ее своим коллегам. 
    
 
      gostres_link <- gost (query = c ("X: 1000: 1000000", "rs17396340", "GO: 0005005", "ENSG00000156103", "NLRP1"),
                as_short_link = TRUE)  
     Этот запрос возвращает короткую ссылку в форме https: // biit.cs.ut.ee/gplink/l/HfapQyB5TJ.
     Множественные запросы 
     Функция  gost  также позволяет выполнять обогащение по множественным входным спискам генов. Множественные запросы обнаруживаются автоматически, если входной запрос   представляет собой  список  векторов с идентификаторами генов, а результаты объединяются в идентичный  кадр данных , как в случае одиночного запроса.
      multi_gostres1 <- gost (query = list ("chromX" = c ("X: 1000: 1000000", "rs17396340",
                                                 «GO: 0005005», «ENSG00000156103», «NLRP1»),
                             "chromY" = c ("Y: 1: 10000000", "rs17396340",
                                          «GO: 0005005», «ENSG00000156103», «NLRP1»)),
                       multi_query = FALSE)  
      голова (multi_gostres1 $ result)
#> запросить значимое значение p_value term_size query_size correction_size
#> 1 chromX ИСТИНА 8.523716e-26 87 20 14
#> 2 chromX ИСТИНА 2.723732e-18 284 20 14
#> 3 chromX ИСТИНА 3.009966e-18 286 20 14
#> 4 chromX ИСТИНА 5.565491e-15 487 20 14
#> 5 chromX ИСТИНА 1.
    8e-14 532 20 14
#> 6 chromX ИСТИНА 1.330770e-13 611 20 14
#> прецизионный вызов источника term_id
#> 1 0.7 0.160
     GO: 0048013 GO: BP
#> 2 0,7 0,04929577 GO: 0007411 GO: BP
#> 3 0,7 0,04895105 GO: 0097485 GO: BP
#> 4 0,7 0,02874743 GO: 0007409 GO: BP
#> 5 0,7 0,02631579 GO: 0061564 GO: BP
#> 6 0,7 0,022
     GO: 0048667 GO: BP
#> term_name эффективный_домен_size
#> 1 сигнальный путь рецептора эфрина 17916
#> Направление 2 аксонов 17916
#> 3 проекционных указателя нейронов 17916
#> 4 аксоногенез 17916
#> Развитие 5 аксонов 17916
#> Морфогенез 6 клеток, участвующих в дифференцировке нейронов 17916
#> source_order родители
#> 1 14703 GO: 0007169
#> 2 3320 GO: 0007409, GO: 0097485
#> 3 22206 GO: 0006928, GO: 0006935, GO: 0048812
#> 4 3319 GO: 0048667, GO: 0048812, GO: 0061564
#> 5 18524 ​​GO: 0031175
#> 6 15185 GO: 0000904, GO: 0048666      
     Столбец  «запрос»  в данных результата .фрейм  теперь будет содержать соответствующее имя для запроса. Если имя не указано, то имя запроса определяется как порядок запросов с префиксом «запрос_».
     Другой вариант для множественных списков генов - установка параметра  multiquery = TRUE . Затем результаты всех входных запросов группируются по идентификаторам терминов для лучшего сравнения.
      multi_gostres2 <- gost (query = list ("chromX" = c ("X: 1000: 1000000", "rs17396340",
                                                 «GO: 0005005», «ENSG00000156103», «NLRP1»),
                             "chromY" = c ("Y: 1: 10000000", "rs17396340",
                                          «GO: 0005005», «ENSG00000156103», «NLRP1»)),
                       multi_query = TRUE)  
      голова (multi_gostres2 $ result)
#> term_id p_values ​​значащий term_size
#> 1 GO: 0005005 7.424527e-42, 6.650128e-40 ИСТИНА, ИСТИНА 14
#> 2 GO: 0005003 8.617686e-38, 7.708898e-36 ИСТИНА, ИСТИНА 19
#> 3 REAC: R-HSA-3928665 2.252548e-28, 9.146398e-28 ИСТИНА, ИСТИНА 49
#> 4 GO: 0004714 3.489490e-28, 3.085471e-26 ИСТИНА, ИСТИНА 64
#> 5 GO: 0019199 1.592800e-26, 1.401848e-24 ИСТИНА, ИСТИНА 82
#> 6 GO: 0048013 8.523716e-26, 1.024496e-21 ИСТИНА, ИСТИНА 87
#> query_sizes correction_sizes источник
#> 1 21, 26 14, 14 GO: MF
#> 2 21, 26 14, 14 GO: MF
#> 3 18, 19 14, 14 REAC
#> 4 21, 26 14, 14 GO: MF
#> 5 21, 26 14, 14 GO: MF
#> 6 20, 32 14, 14 GO: BP
#> term_name эффективный_домен_размер
#> 1 активность трансмембранного рецептора эфрина 18134
#> 2 активность рецептора эфрина 18134
#> 3 Отталкивание клеток, опосредованное EPH-эфрином 10588
#> 4 трансмембранный рецептор протеин тирозинкиназы активность 18134
#> 5 активность трансмембранных рецепторов протеинкиназы 18134
#> 6 Путь передачи сигналов рецептора эфрина 17916
#> source_order родители
#> 1 1549 GO: 0005003
#> 2 1547 GO: 0004714
#> 3736 REAC: R-HSA-2682334
#> 4 1296 GO: 0004713, GO: 0019199
#> 5 4557 GO: 0004672, GO: 0004888
#> 6 14703 GO: 0007169  
     Результат  данных.кадр  содержит следующие столбцы:
    •  term_id - уникальный идентификатор термина (например, GO: 0005005)
    •   p_values ​​ - гипергеометрические p-значения после корректировки для множественного тестирования в порядке входных запросов
    •   значимые  - показатели в порядке ввода запросов для получения статистически значимых результатов
    •  term_size - количество генов, аннотированных для термина
    •   query_sizes  - количество генов, которые были включены в запрос в порядке входных запросов
    •   correction_sizes  - количество генов во входном запросе, которые аннотированы к соответствующему термину в порядке входных запросов
    •  источник - аббревиатура источника данных для термина (e.г. GO: BP)
    •  term_name - краткое имя функции
    •  effective_domain_size - общее количество генов «во вселенной», использованных для гипергеометрического теста.
    •  source_order - порядковый номер термина в его источнике данных (это важно для вывода результатов)
    •  source_order - порядковый номер термина в его источнике данных (это важно для вывода результатов)
      •  Родители
    •  - список идентификаторов терминов, которые иерархически расположены непосредственно над термином.Для неиерархических источников данных это указывает на искусственный корневой узел.
     Визуализация 
     Основное обновление в этом пакете предоставляет функциональные возможности для создания визуализаций, аналогичных тем, которые теперь доступны в веб-инструменте.
     Результаты обогащения визуализируются с помощью графика, подобного Манхэттену, с использованием функции  gostplot  и ранее найденных результатов  gost   gostres :
      gostplot (gostres, capped = TRUE, interactive = TRUE)
#> Предупреждение: `group_by _ ()` устарела с dplyr 0.7.0.
#> Пожалуйста, используйте вместо нее `group_by ()`.
#> См. Виньетку ('программирование') для получения дополнительной помощи.
#> Это предупреждение отображается каждые 8 ​​часов.
#> Вызовите `lifecycle :: last_warnings ()`, чтобы узнать, где было сгенерировано это предупреждение.  
     Ось x представляет функциональные термины, которые сгруппированы и имеют цветовую кодировку в соответствии с источниками данных и расположены в соответствии с фиксированным  «source_order» . Порядок определяется таким образом, что термины, расположенные ближе друг к другу в исходной иерархии, также находятся рядом друг с другом на графике Манхэттена.Исходные цвета настраиваются с помощью параметра  pal , который определяет цветовую карту с именованным списком  .
     Ось Y показывает скорректированные значения p в отрицательной шкале log10. Каждый круг состоит из одного члена и имеет размер в соответствии с размером термина, то есть у больших членов есть большие круги. Если  interactive = TRUE , то интерактивный график возвращается с использованием пакета  plotly . При наведении курсора на кружок отображается соответствующая информация.
     Параметр  capped = TRUE  указывает, будет ли -log10 (p-values) ограничено значением 16, если оно больше 16.Это фиксирует масштаб оси Y, чтобы графики Манхэттена из разных запросов были сопоставимы, а также интуитивно понятен, поскольку статистически меньшие p-значения могут быть суммированы как очень значимые.
     Если  interactive = FALSE , функция возвращает статический объект  ggplot .
      p <- gostplot (gostres, capped = FALSE, interactive = FALSE)
п  
     Функция  publish_gostplot  принимает статический объект графика в качестве входных данных и позволяет выделить ряд интересных терминов из результатов с числами и таблицей результатов.Их можно установить с помощью параметра  highlight_terms , перечисляющего идентификаторы терминов в векторе   или как  data.frame  со столбцом  «term_id» , например, подмножество результата  data.frame .
      pp <- publish_gostplot (p, highlight_terms = c ("GO: 0048013", "REAC: R-HSA-3928663"),
                       ширина = NA, высота = NA, имя файла = NULL)  
     Функция также позволяет сохранить результат в файл изображения в форматах PNG, PDF, JPEG, TIFF или BMP с параметром  имя файла .Ширину и высоту графика можно отрегулировать с помощью соответствующих параметров  ширины  и  высоты .
     Если требуются дополнительные графические параметры, такие как повышенное разрешение, объекты графика можно легко сохранить с помощью функции  ggsave  из пакета  ggplot2 .
     Результаты  гост  также могут быть визуализированы в виде таблицы. Таблица  publish_gosttable  создаст красивую таблицу со статистикой результатов для  highlight_terms  на основе данных результата .рама .  highlight_terms  может быть вектором идентификаторов терминов или подмножеством результатов.
      publish_gosttable (gostres, highlight_terms = gostres $ result [c (1: 2,10,100: 102,120,124,125),],
                        use_colors = ИСТИНА,
                        show_columns = c («источник», «имя_терма», «размер_термина», «размер_пересечения»),
                        имя файла = NULL)
#> Ввод "highlight_terms" - это data.frame. Будет использован столбец term_id.  
     Параметр  use_colors = FALSE  указывает, что столбец p-значений не должен выделяться цветом фона. show_columns  используется для перечисления имен дополнительных столбцов, отображаемых в таблице, в дополнение к  «term_id»  и  «p_value» .
     Те же функции работают и в случае результатов множественных запросов, показывающих несколько графиков Манхэттена друг над другом:
      gostplot (multi_gostres2, capped = TRUE, interactive = TRUE)  
     Обратите внимание, что если на одном из графиков Манхэттена щелкнуть термин, он также будет выделен на других (если он присутствует), что позволяет сравнить несколько запросов.Незначительные термины выделены более светлым цветом.
      publish_gosttable (multi_gostres1,
                         highlight_terms = multi_gostres1 $ результат [c (1, 24, 82, 176, 204, 234),],
                        use_colors = ИСТИНА,
                        show_columns = c («источник», «имя_терма», «размер_термина»),
                        имя файла = NULL)
#> Ввод "highlight_terms" - это data.frame. Будет использован столбец term_id.  
     Пользовательские источники данных с 
     upload_GMT_file 
     В дополнение к доступным источникам данных GO, KEGG и т. Д. Пользователи могут загружать свой собственный источник данных, используя формат файла Gene Matrix Transposed (GMT).Формат файла описан здесь. Пользователи могут сами составлять файлы или использовать предварительно скомпилированные наборы генов с доступных специализированных веб-сайтов, таких как база данных молекулярных сигнатур (MSigDB) и т. Д. Файлы GMT для источников g: Profiler по умолчанию (за исключением KEGG и Transfac, поскольку мы ограничены источником данных лицензии) можно загрузить из раздела Источники данных в g: Profiler.
      upload_GMT_file  позволяет загружать файлы GMT. Входные данные  gmtfile  - это имя файла GMT вместе с путем к файлу.Входными данными также могут быть несколько файлов GMT, сжатых в ZIP-файл. Расширение файла должно быть  .gmt  или  .zip  в случае нескольких файлов GMT. Загруженное имя файла используется для определения имени источника в результатах обогащения.
     Например, используя наборы генов BioCarta, загруженные из MSigDB Collections
      download.file (url = "http://software.broadinstitute.org/gsea/resources/msigdb/7.0/c2.cp.biocarta.v7.0.symbols.gmt", destfile = "extdata / biocarta.gmt ")  
      upload_GMT_file (gmtfile = "extdata / biocarta.gmt")  
     Результатом является строка, обозначающая уникальный идентификатор загруженного источника данных в базу данных g: Profiler. В этом примере идентификатор -  gp__TEXF_hZLM_d18 .
     После загрузки этот идентификатор можно использовать в качестве значения для параметра  организм  в функции  гост . Входной запрос   должен состоять из идентификаторов, доступных в файле GMT.Обратите внимание, что все гены в файле GMT ​​определяют размер домена, и поэтому недостаточно включить в файл только выборку интересных терминов.
      custom_gostres <- gost (query = c ("MAPK3", "PIK3C2G", "HRAS", "PIK3R1", "MAP2K1",
                                 «RAF1», «PLCG1», «GNAQ», «MAPK1», «PRKCB», «CRK», «BCAR1», «NFKB1»),
                       организм = "gp__TEXF_hZLM_d18")
#> Обнаружен пользовательский запрос источника по Гринвичу
голова (custom_gostres $ результат)
#> запросить значимое значение p_value term_size query_size correction_size
#> 1 query_1 ИСТИНА 5.324995e-26 19 13 13
#> 2 query_1 TRUE 1.6e-12 27 13 9
#> 3 query_1 TRUE 8.094988e-12 19 13 8
#> 4 query_1 TRUE 2.320289e-10 27 13 8
#> 5 query_1 TRUE 3.003286e-10 16 13 7
#> 6 query_1 TRUE 6.197109e-09 39 13 8
#> прецизионный вызов источника term_id
#> 1 1.0000000 0,6842105 BIOCARTA_CXCR4_PATHWAY биокарта
#> 2 0,67 0,3333333 BIOCARTA_PYK2_PATHWAY biocarta
#> 3 0,6153846 0,4210526 BIOCARTA_CCR3_PATHWAY biocarta
#> 4 0,6153846 0,2962963 BIOCARTA_GH_PATHWAY biocarta
#> 5 0,5384615 0,4375000 BIOCARTA_CDMAC_PATHWAY biocarta
#> 6 0.6153846 0.2051282 BIOCARTA_FCER1_PATHWAY biocarta
#> term_name
#> 1 http://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/cards/BIOCARTA_CXCR4_PATHWAY
#> 2 http: // www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/cards/BIOCARTA_PYK2_PATHWAY
#> 3 http://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/cards/BIOCARTA_CCR3_PATHWAY
#> 4 http://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/cards/BIOCARTA_GH_PATHWAY
#> 5 http://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/cards/BIOCARTA_CDMAC_PATHWAY
#> 6 http://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/cards/BIOCARTA_FCER1_PATHWAY
#> effective_domain_size source_order родители
#> 1 1476 47 NULL
#> 2 1476109 NULL
#> 3 1476 31 NULL
#> 4 1476 78 NULL
#> 5 1476 27 NULL
#> 6 1476 71 NULL  
     Нет необходимости повторно загружать одни и те же файлы GMT каждый раз перед анализом обогащения.Его можно загрузить только один раз, а затем идентификатор можно будет использовать в любых дальнейших анализах обогащения, основанных на этом настраиваемом источнике. Тот же идентификатор также можно использовать в веб-инструменте в качестве токена в параметрах Custom GMT.